综合的软件包简化了数据分析

系统软件的优化和数据分析软件工具的开发有望精简大量样品的多基因组区域分析，并简化了生物学变异的探索研究。这些软件改进包括email通知、自动离线分析、远程监控和新应用特定的分析工具将帮助研究人员更好地管理与基因组分析研究相关的数据。

运用系统生物学方法来研究生物体的平台

凭借无可比拟的灵敏度，SOLiD 3系统能让研究人员采用系统生物学的方法来研究简单和复杂的生物体。系统生物学是将生物体作为一个基因、蛋白和生化反应的整合且相互作用网络来研究生物体的学科。在单个平台上，研究人员应用整体、中性假说的方法来纵览基因组、转录组、表观基因组、DNA的化学修饰集合的全貌。通过利用SOLiD 3系统进行这种系统生物学方法的研究，研究人员将可以检测单个细胞中最常见和新的信使RNA（mRNA），而不会出现像现有基于探针的微阵列技术那种对已知mRNA分子的偏向性。这个新平台每次运行能检测4亿多个序列标签，让研究人员在一次运行中就可以能纵览约4倍小鼠或人的转录本，同时保持检测每个细胞中单拷贝分子的灵敏度。

Gray博士表示：“在这个意义上，SOLiD 3和万元基因组将有助于科学家应用该平台以充分发挥基于测序的RNA表达分析比微阵列研究更加灵敏的先天优势。更令人振奋的是SOLiD 3系统的阅读片段更长，这将使得在RNA表达分析实验中可以检测出新的剪接形式。”

加利福尼亚大学Santa Barbara分校神经科学研究所的联合主管Kenneth S. Kosik医学博士正在研究microRNA表达如何调节细胞分化。Kosik博士相信SOLiD 3系统将有助于他采用中性假说的方法来研究非编码RNA如何调节大脑功能，大脑肿瘤形成以及可能的神经退化。

Kosik博士表示：“在我们的研究中，快速而可靠地检测包括非编码RNA在内的已知和新的RNA是非常重要的，这样我们才能更深入地了解它们在神经可塑性和神经退化损伤中所行驶的功能。像SOLiD 3系统这样的技术可以无偏向性的方式高灵敏度地检测新或稀有转录本，为高样品通量提供可扩展性。这个方法将大大促进我们对于非编码RNA在调节基因表达和最终的脑功能中作用的了解。”

扩展支持多种基因组分析应用

研究人员已经将SOLiD技术应用到多种分析中，包括转录本分析、染色质免疫沉淀、微生物测序等等。新的SOLiD 3系统的改进，包括阅读片段更长、新整合一个成像缓冲来提高信噪比，将使研究人员能利用该平台对微生物基因组进行从头测序，对候选基因进行重测序，沉默基因的甲基化图谱分析以及生物样品的数码染色体核型分析等等。该系统极佳的精确性，在双碱基编码时高于99.94%，可为从事遗传变异研究的人员提供相比其他测序平台来说最高的数据质量。利用该系统进行遗传变异研究能使研究人员检测到新的单碱基变化，即SNP，相比其他竞争测序平台而言所需的覆盖度更低，而假阳性的结果更少。
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